30 червня 2004 року на базі окремого гідрографічного дивізіону, гідрометеорологічного центру, топографічної частини, бази ремонту і зберігання озброєння в Севастополі створено Центр навігації, гідрографії та гідрометеорології Військово-Морських Сил Збройних Сил України.

Центром навігації, гідрографії та гідрометеорології здійснює навігаційно-гідрографічне, топогеодезичне, гідрометеорологічне забезпечення бойової і повсякденної діяльності ВМС ЗС України, забезпечує сили морськими засобами навігації та океанографії.

Після тимчасової окупації Кримського півострова у 2014 році Центр було передислоковано у місто Одеса. Протягом останніх 4 років особовим складом Центру було проведено 7 навігаційно-гідрографічних експедицій, у тому числі спільна українсько-американська експедиція по обстеженню акваторії Чорного моря та порту Одеса в рамках міжнародного навчання “Сі Бриз – 2017”, обстежено близько 100 тисяч квадратних кілометрів моря та понад 20 тисяч квадратних кілометрів суходолу. Військовослужбовці Центру виконують бойової завдання в Антитерористичній операції, Операції об’єднаних сил на Сході України.