01 липня 1996 року – день створення Південного морського району (з 2003 р. – Південна військово-морська база, з 2018 р. – військово-морська база «Схід»).

У 1992 році екіпажі кораблів, особовий склад органів управління та підрозділів Кримської військово-морської бази складали Військову присягу на вірність Українському народові та висловлювали бажання служити у ВМС України. Командуванням Кримської військово-морської бази, підпорядкованим ЧФ, вживалися репресивні заходи щодо патріотів, на спротив яких 21.07.1992 сторожовий корабель СКР-112 підняв український прапор та перейшов до Одеси. Протягом 4 років тривали українсько-російські переговори, які завершилися укладанням угоди про розподіл Чорноморського флоту колишнього СРСР.

27 березня 1996 року було завершено прийом об’єктів Кримської військово-морської бази і урочисто піднято Військово-Морські Прапори України на 17 кораблях і суднах створеного Південного військово-морського району ВМС України в Новоозерному. До складу ВМС увійшли  великий десантний корабель „Костянтин Ольшанський”, десантні кораблі на повітряній подушці „Горлівка”, „Краматорськ”, „Артемівськ”, малі протичовнові кораблі „Хмельницький” і „Ужгород”, базові тральщики „Мелітополь”, „Маріуполь” й „Генічеськ”, розвідувальні кораблі „Івано-Франківськ” і „Чернівці”, рейдовий буксир „Ковель”, протипожежний катер „Євпаторія”, плавкран „Каланчак” та інші судна забезпечення. Кораблі та катери передавалися у занедбаному та розграбованому стані, російські військовослужбовці навмисно псували матеріальну частину, викрадали і нищили технічну документацію. Завдяки роботі особового складу та шефській допомозі регіонів України, більша частина корабельного складу була відновлена.

01 липня 1996 року  було створено Південний морський район, на який було покладено завдання управління підготовкою, застосуванням і забезпеченням підпорядкованих сил.

Вже влітку 1997 року створений орган військового управління забезпечив проведення в районі озера Донузлав україно-американських навчань «Сі Бриз – 97» із залученням кораблів та суден США, Туреччини, Болгарії, Грузії й Румунії.

2003 року морський район було переформовано в Південну військово-морську базу.

В ході реформування системи управління військово-морська база змінила своє призначення, її функціонування було спрямоване на забезпечення сил, а функції підготовки та управління були покладені на ескадру різнорідних сил, у подальшому – центр морських операцій, морське командування.

У березні 2014 року особовий склад Південної військово-морської бази чинив опір російським окупантам.

Після окупації АР Крим російськими військами у 2014 році частину перебазовано до м. Миколаєва.

База управляла підготовкою і застосуванням, здійснювала всебічне забезпечення підпорядкованих бригад, дивізіонів, підрозділів.

З 2014 року до формування і набуття спроможностей Командуванням морської піхоти Військово-Морських Сил Збройних Сил України військово-морська база управляла Миколаївським гарнізоном, де було забезпечено проведення заходів національно-патріотичного спрямування.

30 січня 2018 році військова частина була переформована, змінила функціональне призначення і отримала нове найменування – Військово-морська база «Схід», у 2020 році здійснює переміщення до нового пункту базування м. Бердянська, де організує всебічне забезпечення сил на Азовському морі.